ساختار سازمان بورس و اوراق بهادار متشکل از شورای عالی بورس در رأس و هیئت مدیرۀ سازمان در ذیل شورا تشکیل شده است به‌طوری که اعضای هیئت مدیره معمولاً معاونت‌های سازمان را تشکیل می‌دهند. معاونت نظارت بر نهادهای مالی با وظیفۀ نظارت بر نهادهای مالی دارای مجوز از سوی سازمان بورس و اوراق بهادار، معاونت نظارت بر بورس‌ها و ناشران با وظیفۀ نظارت بر ناشران ثبت شده نزد سازمان، پذیرش اوراق بهادار، و همچنین رصد و نظارت بر بازار اوراق بهادار، معاونت حقوقی با وظیفۀ رسیدگی به امور حقوقی و پیگیری جرائم و تخلفات و معاونت اجرایی با مأموریت تامین احتياجات مالي، انساني، پشتيباني و فنآوري اطلاعات جهت پيشبرد اهداف و بهبود بهره‌وري منابع سازمانی، معاونت‌های سازمان را تشکیل می‌دهند. به‌منظور مقایسۀ وظایف، معاونت‌ها و ادارات دیگر نهادهای نظارتی در بازار سرمایه، این گزارش به نهادهای ناظر بازار سرمایۀ کشورهای ترکیه، آمریکا و پاکستان پرداخته است. نتایج مطالعه حاکی از آن است که گرچه وظایفی که معاونت‌های سازمان بورس و اوراق بهادار انجام می‌دهد را دیگر نهادی ناظر نیز انجام می‌دهند اما تنوع معاونت‌ها و وظایفی که بر عهدۀ هر یک گذاشته شده است، موجب تمایز ساختار آنهاست.